五芳斋迁入玄妙观后，虽然有自己的特色，生意也不错，但规模始终不是很大，一直沿用家庭式经营方式，其店堂位于三清殿露台西南，相邻店铺都是鸡鸭血汤店，互为补充。另外在三清殿东无字碑前还搭有一间库房。这种状况一直维持到到1949年新中国成立。
五芳斋在观前街走红，给苏州小吃行注入了新的活力，仅在玄妙观，同时就有人开出了"大芳斋"、"六芳斋"和"七芳斋"等饮食店，互相竞争，不断在花色品种、质量口味上下功夫，将苏州小吃推向一个高潮。
因为五芳斋的名声，加上当时还没有商标注册和知识产权保护的概念，民国15年（1926），有一位原是弹棉花手艺人长溪泉在浙江嘉兴张家弄口开了一家"荣记五芳斋粽子店"，依据他在苏州吃到的甜点美味对肉粽进行调味改良，一时好评如潮，大获成功。于是，嘉兴本地人朱庆堂、冯瑞年也在附近开了"顶顶老五芳斋"和"真真顶顶老五芳斋"，专营各种粽子，三族鼎立，从此嘉兴五芳斋粽子闻名遐迩，一时名声似乎盖住了创始于苏州的五芳斋本店。
解放后，随着玄妙观地区的改建，50年代初，五芳斋先是搬至观前街平安坊口营业。文革时期，迁至临顿路肖家巷口，与当时饮食行业其他店铺一样，供应一般面点，传统产品不再制作生产。