除磷菌在好氧条件下通过吸收磷合成自身物质，达到降磷的目的。好氧聚集磷，消耗cod，获取能量；厌氧通过释放磷来获取能量。除磷菌在好氧条件下吸磷，用于合成自身物质。厌氧释磷好氧过量吸收磷.除磷工艺中起到主要作用的细菌是聚磷菌，聚磷菌只是环境技术中对一类微生物的统称,并不是一个生物分类的概念；*大的特点就是在好氧条件下富集磷,厌氧条件下释放磷。
在厌氧状态下大量的释放磷，再经过好氧状态的时候大量的从废水中将磷酸酸聚结在一起。再通过排泥来实现.这类细菌称为聚磷菌，能够在厌氧状态下释放磷，在好氧状态的时候大量的从废水中将磷酸聚结在一起，*后通过排泥来实现除磷。
除磷工艺中起到主要作用的细菌是聚磷菌，聚磷菌只是环境技术中对一类微生物的统称,并不是一个生物分类的概念；*大的特点就是在好氧条件下富集磷,厌氧条件下释放磷。除磷后废水浑浊现象原
微生物除磷的原理是通过厌氧，缺氧、好氧一系列微生物反应，通过吸收磷酸盐--释放磷酸盐的一个过程，*终通过排出剩余污泥量的方法达到除磷的目的。由于磷排放标准的提高，目前我国多采用生物除磷+化学除磷（采用 
化学除磷剂除磷）的方法能够将废水中磷去除率达到98%。
微生物除磷的原理
微生物除磷通常为厌氧+好氧（也有在厌氧与好氧中加入一个缺氧状态的除磷工艺），是通过培养一类叫聚磷菌的微生物细菌，能够在厌氧状态下大量的释放磷，再经过好氧状态的时候大量的从废水中将磷酸酸聚结在一起。再通过排泥来实现除磷。
在厌氧状态下是一个放磷的过程，聚磷菌在一个没有溶解氧的厌氧环境下，其所需要的养份与能量均来自于细菌体内本身聚磷的分解，在本身体内聚磷分解的过程中会致使很大一部份可溶性的磷酸盐得以释放出来。
进入好氧状状下是一个吸磷的过程，好氧条件下聚磷菌可以吸取外界有机物带来的能量与养份，以游离氧为电子受体，在消耗氧的（积贮在胞内的PHB好氧分解），过大量的聚结吸取废水中的磷盐。好氧段的吸磷要多于厌氧所释放的磷当量，*终通过将摄取的磷酸盐通过污泥的方式排放出去。
生物除磷受其工艺、污泥龄的影响与微生物细菌的培养影响，一般来讲能够去除废水中70%-87%左右的磷，在生物除磷后加入化学除磷剂混凝除磷，则可以将磷彻底去除，达到一级A标准要求的0.5mg/L水平。
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